1. La resistencia ante el terremoto de 1655
A mediados del siglo XVII, un esclavo de casta angoleña pintó la imagen de Cristo Crucificado en un muro de adobe dentro de un galpón donde se reunía su cofradía. El 13 de noviembre de 1655, un catastrófico terremoto sacudió Lima y Callao, derribando templos, viviendas y todas las paredes del recinto, excepto el frágil muro de adobe donde estaba la pintura, que quedó intacto. Para la Iglesia, este fue el prodigio original que encendió la devoción comunitaria.
Este fenómeno se repitió en el devastador terremoto de 1687, lo que dio inicio a las procesiones con una réplica de la imagen.

2. La imposibilidad de borrar la imagen en 1671
Debido a que las reuniones de culto se realizaban de noche y generaban recelo en las autoridades eclesiásticas de la época, el promotor fiscal del Arzobispado ordenó borrar la imagen. Sin embargo, la tradición católica documenta que el mandato no se pudo cumplir debido a fenómenos inexplicables:

• El primer pintor oficial que subió a la escalera sintió una parálisis total y temblores en todo el cuerpo al intentar tocar el muro.
• Un segundo hombre que lo intentó bajó impresionado, asegurando que vio la imagen transformarse, mostrándose cada vez más bella y brillante.
• Un soldado de la guardia real subió después, pero descendió rápidamente confesando que vio que la imagen empezaba a llenarse de resplandor, impidiéndole continuar.

Ante estos hechos históricos reflejados en las actas de la época, el virrey Conde de Lemos y la autoridad eclesiástica revocaron la orden y autorizaron el culto oficial el 14 de septiembre de 1671.

3. La sanación milagrosa de Andrés de León (1671)
La Iglesia reconoce a un residente limeño llamado Andrés de León como uno de los primeros grandes propagadores del culto tras experimentar un milagro físico. Este hombre padecía una enfermedad maligna, dolorosa e incurable en el cerebro/brazo que los médicos de la época daban por perdida. Al encomendarse con profunda fe al Cristo de la pared de Pachacamilla, recibió una curación total y repentina, dedicando el resto de sus días a limpiar el lugar y levantar la primera ermita provisional.

4. Terremoto de 1687
El 20 de octubre de 1687, otro violento terremoto arrasó con Lima y el Callao, derribando la ermita edificada en honor al Cristo. Pero como sucedió anteriormente, la imagen del Señor quedó en pie, por lo que se ordenó la confección de una copia al óleo y que saliera por primera vez en andas por la ciudad como “recuerdo del movimiento de tierra que trajo tanta destrucción y muerte”. Así, en 1688, la población fue llamada a la procesión y se fijó el recorrido para el 18 de octubre.

5. El terremoto y maremoto de 1746
El 28 de octubre de 1746 el día en que se registró el peor terremoto ocurrido en Lima, Callao fue destruido por un maremoto, siendo virrey del Perú el conde de Superunda, don José Manso de Velasco fue así como la imagen tomó la costumbre de salir el 28 de octubre, visitando calles, templos, monasterios y hasta ramadas.

6. Milagros personales
A los acontecimientos históricos se suman los miles de milagros personales de sanación de enfermedades y protección que sus fieles le atribuyen individualmente cada año durante el mes de octubre. En cada hogar, familia y personas devotas del Señor de los Milagros siempre hay testimonios de fe y milagros.

Procesiones del mes morado
La procesión del Señor de los Milagros se realiza tradicionalmente en el mes de octubre. Sale en procesión desde el Monasterio de las Nazarenas el primer sábado de octubre rumbo a la Catedral de Lima y esta vez regresa al Santuario de las Nazarenas al día siguiente.
Posteriormente el Cristo de Pachacamilla recorre la ciudad de Lima los días 18, 19 y 28 de Octubre.
Finalmente, su último recorrido procesional se realiza el 1 de noviembre en el que la imagen sale del Santuario de las Nazarenas e ingresa al Monasterio hasta el próximo año.

Proclamación como Patrón de todos los peruanos
El 15 de octubre de 2005, el Vaticano en coordinación con el Arzobispado de Lima, designó por unanimidad nombrar al Señor de los Milagros como Patrón de los Peruanos Residentes e Inmigrantes, ya que cuando comenzaron a emigrar a otros países, éstos continuaron con el culto en múltiples ciudades del mundo, también durante el mes de octubre. Así, hay decenas de ciudades importantes donde se lleva a cabo esta procesión, la misma que comienza a ser reconocida internacionalmente y en muchos casos, auspiciada oficialmente por diversas autoridades locales.